Yon etid resan pibliye nanMikwobyòmte fè analiz metajenomik viral sou 846 ti mamifè sovaj—ki gen ladan chòvsourit, wonjè, ak mizè—ki te kolekte nan Syera Leyòn, Afrik de Lwès. Etid la te idantifye yon total 39 viris ARN ki asosye ak mamifè, ki gen ladan 26 nouvo viris ak 13 viris ki te deja konnen. Pami sa yo, fanmi Paramyxoviridae a te montre pi gwo divèsite a, alòske wonjè yo te gen pi gwo kantite espès viral (n = 26).
Evalyasyon risk zoonotik yo te revele twa viris zoonotik li te ye—viris ansefalomyokadit, viris Lassa, ak Rocahepevirus sp.—osi byen ke twa viris ki gen yon risk potansyèl de debòdman: viris Melian, viris epatit wonjè, ak Hunnivirus A. Li enpòtan pou note ke pami viris ki fèk idantifye yo, Bat ledantevirus 2 te montre relasyon filogenetik ki pi pre ak viris Le Dantec ki enfekte moun. Analiz serolojik la te detekte tou antikò netralizan kont viris sa a nan 2.8% nan rezidan lokal yo, sa ki sijere yon ekspozisyon imen anvan, pwobableman pa detekte.
Rezilta sa yo mete aksan sou prezans yon rezèvwa viral enpòtan ki domine pa wonjè nan Afrik Lwès epi souliye enpòtans estrateji siveyans entegre nan entèfas moun-animal. Konbinezon tès depistaj metajenomik ak validasyon serolojik bay yon kad solid pou idantifye viris ki gen potansyèl zoonotik ak debòdman.
Pandan dis dènye ane yo, plis pase 60% nan maladi enfeksyon émergentes nan moun soti nan rezèvwa bèt, ak chòvsourit, wonjè ak musaraigne yo rekonèt kòm prensipal lame viris zoonotik yo. Lafrik lajman konsidere kòm yon chos pou maladi zoonotik yo. Pa egzanp, Syera Leyòn rapòte plis pase 28,000 ka pandan epidemi Ebola 2014-2016 la.
Malgre gwo chay maladi zoonotik yo nan rejyon sa a, divèsite ak distribisyon viris nan ti mamifè sovaj yo rete ensifizan karakterize. Pou adrese pwoblèm sa a, chèchè yo te fè yon analiz sistematik viròm sou 846 ti mamifè sovaj yo te kaptire nan twa sit nan Syera Leyòn ant 2018 ak 2023. Etid la te gen pou objaktif pou karakterize divèsite viral, idantifye kandida ki gen potansyèl transmisyon kwa-espès, evalye risk zoonotik, epi jenere prèv pou sipòte sistèm avètisman bonè pou maladi enfeksyon émergentes yo.
Metòd debaz yo
Etid la te aplike yon pwosesis metajenomik viral konplè:
- Pwosesis echantiyon:Yo te kolekte tisi kè, fwa, larat, poumon ak ren, yo te mete yo ansanm, yo te omojeneize yo, epi yo te sibi ekstraksyon ARN total.
- Sekans ak asanblaj:Yo te fè rediksyon ARN ribozomal la anvan konstriksyon bibliyotèk la, epi apre sa yo te fè yon sekansaj wo débit lè l sèvi avèk platfòm Illumina NovaSeq 6000 la. Yo te rasanble kontig viral yo de novo.
- Idantifikasyon viris:Yo te idantifye viris yo dapre aliyman jèn polimeraz ARN ki depann de ARN (RdRp). Se sèlman viris ki asosye ak vètebre yo te kenbe, eksepte viris bakteri, chanpiyon ak plant.
- Analiz byoenformatik:Yo te fè rekonstriksyon filogenetik, analiz rekombinasyon, modèl rezo transmisyon kwa-espès, ak evalyasyon risk zoonotik.
- Validasyon serolojik:Yo te devlope yon tès netralizasyon pseudovirus ki baze sou VSV pou Bat ledantevirus 2. Yo te detekte antikò netralizan nan 2.8% nan sera imen, sa ki bay prèv yon potansyèl transmisyon zoonotik.
EtidRezilta yo
1. Dekouvèt ak divèsite viral
Etid sa a te fè analiz sekans transkriptomik sou 846 bèt sovaj yo te kolekte nan Syera Leyòn, tankou wonjè, chòvsourit, ak musara. Baze sou sekans konplè jèn polimeraz ARN depandan ARN (RdRp), yo te idantifye yon total 39 viris ARN ki asosye ak mamifè, ki gen ladan 13 viris ki te deja konnen ak 26 nouvo viris.
An tèm de konpozisyon viral, fanmi Paramyxoviridae a te montre pi gwo nivo divèsite nan tout twa lòd òt yo, ki te swiv pa Astroviridae ak Picornaviridae. Konsènan distribisyon òt yo, wonjè yo te kontribye pi gwo divèsite viral la, yo te gen yon total 26 espès viris, sa ki endike wòl enpòtan yo kòm rezèvwa divèsite viral nan rejyon an.
2. Risk Zoonotik
Evalyasyon risk zoonotik la te idantifye twa viris zoonotik li te ye: viris ansefalomyokadit, viris Lassa, ak espès Rocahepevirus. Anplis de sa, twa viris—viris Melian, viris epatit wonjè, ak Hunnivirus A—te idantifye kòm gen yon risk potansyèl pou gaye.
Pami 26 viris ki fèk dekouvri yo, yo te predi kat ki te gen yon gwo potansyèl zoonotik ki baze sou karakteristik filogenetik ak jenomik. Li enpòtan pou note ke Bat ledantevirus 2 te montre relasyon filogenetik ki pi pre ak viris Le Dantec ki enfekte moun.
Ankèt serolojik ki te fèt apre sa te plis sipòte rezilta sa a, paske yo te detekte antikò netralizan kont Bat ledantevirus 2 nan 2.8% sera rezidan lokal yo. Rezilta sa a sijere ke enfeksyon ki pa rekonèt oswa ki pa gen sentòm yo te ka deja rive nan popilasyon imen an, sa ki mete aksan sou yon potansyèl chemen transmisyon zoonotik ki pa te detekte anvan.
3. Dinamik Transmisyon Kwa-Espès
Analiz transmisyon kwa-espès la te demontre ke wonjè yo okipe yon pozisyon santral nan rezo pataj viral la, yo aji kòm nœud kle ki fasilite echanj viral ant espès lame yo. Yo te idantifye yon total 15 viris ki gen potansyèl pou transmisyon kwa-espès.
Pli lwen analiz sou modèl transmisyon kwa-lòd yo te endike ke pataj viral la te fèt pi souvan pami lame ki nan menm lòd taksonomik la, sa ki sijere ke relasyon lame a jwe yon wòl enpòtan nan dinamik transmisyon an. Okontrè, chòvsourit yo te montre yon kapasite relativman pi ba pou transmisyon kwa-lòd.
Sa ki enpòtan, yo te obsève prèv ekspansyon seri lame nan sèten viris. Pa egzanp, yo te detekte viris Melian, ke yo te konsidere anvan kòm espesifik pou musaraigne, tou nan wonjè nan etid sa a, sa ki endike yon chanjman potansyèl nan adaptabilite lame a ak yon risk ogmante pou transmisyon pi laj.
Konklizyon ak Enplikasyon Sante Piblik
- Gwo divèsite virim nan ti mamifè sovaj yo:Dekouvèt 39 viris ARN, ki gen ladan 26 nouvo espès, revele yon gwo rezèvwa viris nan rejyon an epi rapòte pou premye fwa nouvo viris ki gen yon gwo potansyèl zoonotik (pa egzanp, Bat ledantevirus 2).
- Ronjè kòm sib siveyans priyoritè:Ronjè yo aji kòm sant kle pou transmisyon viral epi yo pote pi gwo divèsite viral la, sa ki reprezante pi gwo risk pou yo kontamine.
- Bezwen pou estrateji siveyans entegre:Rezilta yo sipòte priyorite pou wonjè nan pwogram siveyans aktif epi aplikasyon apwòch entegre ki konbine metajenomik, seroloji, ak siveyans ekolojik nan entèfas moun-bèt sovaj.
An jeneral, etid sa a bay prèv enpòtan pou sipòte sistèm avètisman bonè ak kad evalyasyon risk pou maladi zoonotik émergentes, sa ki ranfòse enpòtans siveyans proaktif nan rejyon ki gen gwo risk.
Enfòmasyon sou pwodwi a
Dat piblikasyon: 23 mas 2026