Yon Nouvo Zam pou Dyagnostik Tibèkiloz ak Deteksyon Rezistans Medikaman: Yon Nouvo Jenerasyon Sekans Sible (tNGS) Konbine avèk Aprantisaj Otomatik pou Dyagnostik Ipèsansibilite Tibèkiloz
Rapò literati: CCa: yon modèl dyagnostik ki baze sou tNGS ak aprantisaj otomatik, ki apwopriye pou moun ki gen mwens tibèkiloz bakteri ak menenjit tibèkilè.
Tit tèz la: Sekansaj nouvo jenerasyon ki vize tibèkiloz ak aprantisaj otomatik: yon estrateji dyagnostik ultra-sansib pou tibèkiloz pulmonè paucifik ak menenjit tibilè.
Peryodik: 《Clinica Chimica Acta》
SI: 6.5
Dat piblikasyon: Janvye 2024
Ansanm ak Inivèsite Akademi Syans Chinwa a ak Lopital Pwatrin Beijing nan Inivèsite Medikal Kapital la, Macro & Micro-Test te etabli yon modèl dyagnostik tibèkiloz ki baze sou nouvo jenerasyon teknoloji sekansaj sible (tNGS) ak metòd aprantisaj machin, ki te bay yon sansiblite deteksyon ultra-wo pou tibèkiloz ak kèk bakteri ak menenjit tibèkilè, ki te bay yon nouvo metòd dyagnostik ipèsansibilite pou dyagnostik klinik de kalite tibèkiloz, epi ki te ede dyagnostik egzat, deteksyon rezistans dwòg ak tretman tibèkiloz. An menm tan, yo te jwenn ke cfDNA plasma pasyan an ka itilize kòm yon kalite echantiyon ki apwopriye pou echantiyonaj klinik nan dyagnostik TBM.
Nan etid sa a, yo te itilize 227 echantiyon plasma ak echantiyon likid sefalorakinèl pou etabli de gwoup klinik, kote echantiyon gwoup dyagnostik laboratwa yo te itilize pou etabli modèl aprantisaj otomatik pou dyagnostik tibèkiloz, epi echantiyon gwoup dyagnostik klinik yo te itilize pou verifye modèl dyagnostik etabli a. Tout echantiyon yo te premye vize pa yon pisin sond kaptire espesyalman fèt pou Mycobacterium tuberculosis. Apre sa, ki baze sou done sekansaj TB-tNGS, yo itilize modèl pyebwa desizyon an pou fè validasyon kwaze 5 fwa sou ansanm fòmasyon ak validasyon keu dyagnostik laboratwa a, epi yo jwenn papòt dyagnostik echantiyon plasma yo ak echantiyon likid sefalorakinèl yo. Papòt yo jwenn nan mete nan de ansanm tès keu dyagnostik klinik pou deteksyon, epi yo evalye pèfòmans dyagnostik moun k ap aprann nan pa koub ROC. Finalman, yo jwenn modèl dyagnostik tibèkiloz la.
Fig. 1 dyagram eskematik konsepsyon rechèch la
Rezilta yo: Selon papòt espesifik echantiyon ADN LCR (AUC = 0.974) ak echantiyon cfDNA plasma (AUC = 0.908) detèmine nan etid sa a, pami 227 echantiyon yo, sansiblite echantiyon LCR a te 97.01%, espesifikite a te 95.65%, epi sansiblite ak espesifikite echantiyon plasma a te 82.61% ak 86.36%. Nan analiz 44 echantiyon pè cfDNA plasma ak ADN likid sefalorakidin ki soti nan pasyan TBM, estrateji dyagnostik etid sa a gen yon konsistans segondè de 90.91% (40/44) nan cfDNA plasma ak ADN likid sefalorakidin, epi sansiblite a se 95.45% (42/44). Nan timoun ki gen tibèkiloz poumonè, estrateji dyagnostik etid sa a pi sansib a echantiyon plasma pase rezilta deteksyon Xpert nan echantiyon ji gastrik ki soti nan menm pasyan yo (28.57% VS 15.38%).
Fig. 2 Pèfòmans analiz modèl dyagnostik tibèkiloz pou echantiyon popilasyon yo
Fig. 3 Rezilta dyagnostik echantiyon pè yo
Konklizyon: Nan etid sa a, yo te etabli yon metòd dyagnostik ipèrsansib pou tibèkiloz, ki ka bay yon zouti dyagnostik ki gen pi gwo sansiblite deteksyon pou pasyan klinik ki gen tibèkiloz oligobasilyè (kilti negatif). Deteksyon tibèkiloz ipèrsansib ki baze sou cfDNA plasma a ka yon kalite echantiyon ki apwopriye pou dyagnostik tibèkiloz aktif ak menenjit tibèkilè (echantiyon plasma yo pi fasil pou kolekte pase likid sefalorakinèl pou pasyan yo sispèk tibèkiloz nan sèvo).
Lyen orijinal la: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub
Yon ti entwodiksyon sou pwodwi deteksyon seri Macro & Micro-Test pou tibèkiloz
An konsiderasyon sitiyasyon echantiyon konplike pasyan ki gen tibèkiloz yo ak divès bezwen yo, Macro & Micro-Test bay yon seri konplè solisyon NGS pou ekstraksyon likèfaksyon nan echantiyon krache, konstriksyon ak sekans bibliyotèk Qualcomm, ak analiz done. Pwodwi yo kouvri dyagnostik rapid pasyan ki gen tibèkiloz, deteksyon rezistans dwòg nan tibèkiloz, tipaj mycobacterium tuberculosis ak NTM, dyagnostik ipèsansibilite nan tibèkiloz ki pa bakteri-negatif ak moun ki gen tibèkiloz, elatriye.
Twous deteksyon seri pou tibèkiloz ak mikobakteri:
| Nimewo Atik | non pwodwi | kontni tès pwodwi | kalite echantiyon | modèl ki aplikab |
| HWTS-3012 | Ajan liberasyon echantiyon | Yo itilize li nan tretman likèfaksyon echantiyon krache, li te jwenn yon nimewo rekò premye klas, Sutong Machinery Equipment 20230047. | krache | |
| HWTS-NGS-P00021 | Twous deteksyon kantite Qualcomm pou tibèkiloz ipèrsansib (metòd kaptire sond) | Deteksyon ipèsansibilite ki pa anvayisan (byopsi likid) pou tibèkiloz poumon ki negatif pou bakteri ak nodil nan sèvo; Yo te analize echantiyon moun yo sispèk ki enfekte ak tibèkiloz oswa mikobakteri ki pa tibèkiloz pa metajenomik sekansaj pwofon, epi yo te bay enfòmasyon sou deteksyon si wi ou non mikobakteri tibèkiloz oswa ki pa tibèkiloz te enfekte ak prensipal enfòmasyon sou rezistans dwòg premye liy pou mycobacterium tuberculosis. | San periferik, likid lavaj alveolè, idrotoraks ak asit, echantiyon ponksyon fokal, likid sefalorakèn. | Dezyèm jenerasyon |
| HWTS-NGS-T001 | Twous tipaj Mycobacterium ak deteksyon rezistans dwòg (metòd sekans anplifikasyon miltipleks) | Tès tipifikasyon Mycobacterium, ki gen ladan MTBC ak 187 NTM；Deteksyon rezistans dwòg Mycobacterium tuberculosis kouvri 13 dwòg ak 16 sit mitasyon prensipal jèn rezistans dwòg. | Krache, likid lavaj alveolè, idrotoraks ak asit, echantiyon ponksyon fokal, likid sefalorakèn. | Dezyèm/twazyèm jenerasyon platfòm doub |
Pwen enpòtan: HWTS-NGS-T001 Twous pou tipaj Mycobacterium ak deteksyon rezistans dwòg (metòd anplifikasyon miltipleks)
Entwodiksyon pwodwi
Pwodui a baze sou prensipal medikaman premye ak dezyèm liy yo ki dekri nan gid tretman TB OMS la, makrolid ak aminoglikozid yo itilize souvan nan gid tretman NTM yo, epi sit rezistans dwòg yo kouvri tout gwoup sit ki gen rapò ak rezistans dwòg nan katalòg mitasyon konplèks Mycobacterium tuberculosis OMS la, ansanm ak lòt jèn rezistans dwòg ak sit mitasyon ki rapòte yo dapre envestigasyon ak estatistik literati ki gen gwo nòt nan peyi a ak aletranje.
Idantifikasyon tipifikasyon an baze sou souch NTM yo rezime nan direktiv NTM yo pibliye pa Jounal Chinwa Tibèkiloz ak Maladi Respiratwa yo ansanm ak konsansis ekspè yo. Primè tipifikasyon ki fèt yo ka anplifye, sekansye epi anote plis pase 190 espès NTM.
Atravè teknoloji anplifikasyon PCR miltiplex siblé a, yo te anplifye jèn jenotipaj ak jèn rezistan a dwòg Mycobacterium yo pa PCR miltiplex, epi yo te jwenn konbinezon anplikon jèn sib yo pou detekte. Pwodwi anplifye yo ka konstwi nan bibliyotèk sekansaj wo-debi dezyèm jenerasyon oswa twazyèm jenerasyon, epi tout platfòm sekansaj dezyèm ak twazyèm jenerasyon yo ka sibi sekansaj wo pwofondè pou jwenn enfòmasyon sekans jèn sib yo. Lè yo konpare ak mitasyon li te ye ki genyen nan baz done referans entegre a (ki gen ladan katalòg mitasyon konplèks Mycobacterium tuberculosis OMS la ak relasyon li ak rezistans dwòg), yo te detèmine mitasyon ki gen rapò ak rezistans dwòg oswa sansiblite dwòg anti-tibèkiloz yo. Ansanm ak solisyon tretman echantiyon krache oto-louvri Macro & Micro-Test la, yo te rezoud pwoblèm efikasite anplifikasyon asid nikleyik ki ba nan echantiyon krache klinik yo (dis fwa pi wo pase metòd tradisyonèl yo), pou yo ka aplike dirèkteman deteksyon sekans rezistans dwòg nan echantiyon krache klinik yo.
Ranje deteksyon pwodwi
34jèn ki gen rapò ak rezistans dwòg18medikaman kont tibèkiloz ak6Yo te detekte dwòg NTM, ki kouvri297sit rezistans dwòg; Dis kalite Mycobacterium tuberculosis ak plis pase190Yo te detekte kalite NTM yo.
Tablo 1: Enfòmasyon sou 18+6 Medikaman +190+NTM
Avantaj pwodwi
Bon adaptabilite klinik: echantiyon krache yo ka detekte dirèkteman ak ajan oto-likèfaksyon san kilti.
Operasyon eksperimantal la senp: premye tou operasyon anplifikasyon an senp, epi konstriksyon bibliyotèk la fini nan 3 èdtan, sa ki amelyore efikasite travay la.
Tipifikasyon konplè ak rezistans dwòg: kouvri sit tipifikasyon ak rezistans dwòg MTB ak NTM yo, ki se pwen kle enkyetid klinik yo, tipifikasyon egzat ak deteksyon rezistans dwòg, sipòte lojisyèl analiz endepandan, ak jenere rapò analiz ak yon sèl klike.
Konpatibilite: konpatibilite pwodwi, adapte ak platfòm ILM ak MGI/ONT endikap yo.
Espesifikasyon pwodwi
| Kòd pwodwi | non pwodwi | Platfòm deteksyon | espesifikasyon yo |
| HWTS-NGS-T001 | Twous tipaj Mycobacterium ak deteksyon rezistans dwòg (metòd anplifikasyon miltipleks) | ONT、Illumina、MGI、Salus pro | 16/96rxn |
Dat piblikasyon: 23 janvye 2024