Yon nouvo zam pou dyagnostik tibèkiloz ak deteksyon rezistans dwòg: yon nouvo jenerasyon vize sekans (TNGs) konbine avèk aprantisaj machin pou dyagnostik tuberculosis ipèrsansibilite
Rapò Literati: CCA: Yon modèl dyagnostik ki baze sou TNGs ak aprantisaj machin, ki se apwopriye pou moun ki gen mwens bakteri tibèkiloz ak menenjit tuberculeuz.
Tit tèz: Tuberculeuz-vize pwochen-jenerasyon sekans ak aprantisaj machin: yon ultra-sansib estrateji dyagnostik pou tubulary pulmonèr ak menenjit Echafodaj ki.
Peryodik: 《Klinik Chimica Acta》
Si ： 6.5
Dat Piblikasyon: Janvye 2024
Konbine avèk Inivèsite a nan Akademi Chinwa nan Syans ak Beijing Lopital Pwatrin nan Capital Inivèsite Medikal, Macro & Micro-tès etabli yon modèl dyagnostik tibèkiloz ki baze sou nouvo jenerasyon an nan sekans sible (TNGs) teknoloji ak metòd aprantisaj machin, ki bay ultra-segondè-wo Deteksyon sansiblite pou tibèkiloz ak kèk bakteri ak menenjit tuberculeuz, bay yon nouvo metòd dyagnostik ipersensibilite pou dyagnostik la nan klinik nan de kalite tibèkiloz, epi li te ede dyagnostik la egzat, deteksyon rezistans dwòg ak tretman nan tibèkiloz. An menm tan an, li te jwenn ke plasma cfDNA pasyan an ka itilize kòm yon kalite echantiyon apwopriye pou echantiyon klinik nan dyagnostik la nan TBM.
In this study, 227 plasma samples and cerebrospinal fluid samples were used to establish two clinical cohorts, in which the laboratory diagnostic cohort samples were used to establish the machine learning model of tuberculosis diagnosis, and the clinical diagnostic cohort samples were used to verify the established Modèl dyagnostik. Tout echantiyon yo te premye vize pa yon ki fèt espesyalman pou vize pisin sonde pou Mycobacterium tibèkiloz. Lè sa a, ki baze sou TB-TNGs done sekans, se modèl la Desizyon Tree itilize fè 5-pliye kwa-validation sou fòmasyon an ak seri validasyon nan laboratwa a keu dyagnostik, ak papòt yo dyagnostik nan echantiyon plasma ak echantiyon likid pèt yo jwenn. Se papòt la jwenn te pote nan de kouche tès nan klinik keu dyagnostik pou deteksyon, ak pèfòmans nan dyagnostik nan elèv k ap aprann la evalye pa ROC koub. Finalman, yo te modèl la dyagnostik nan tibèkiloz jwenn.
Fig. 1 dyagram schematic de konsepsyon rechèch
Rezilta: Dapre limit yo espesifik nan echantiyon CSF ADN (AUC = 0.974) ak plasma echantiyon cfDNA (AUC = 0.908) detèmine nan etid sa a, nan mitan 227 echantiyon, sansiblite a nan echantiyon CSF te 97.01%, espesifik la te 95.65%, ak Sansiblite a ak espesifik nan echantiyon plasma yo te 82.61% ak 86.36%. Nan analiz la nan 44 echantiyon pè nan plasma cfDNA ak pèt ADN likid soti nan pasyan TBM, estrateji nan dyagnostik nan etid sa a gen yon konsistans segondè nan 90.91% (40/44) nan plasma cfDNA ak ADN likid pèt, ak sansiblite a se 95.45% (42/44). Nan timoun ki gen tibèkiloz poumon, estrateji nan dyagnostik nan etid sa a se pi sansib a echantiyon plasma pase rezilta yo deteksyon Xpert nan echantiyon gastric ji soti nan pasyan yo menm (28.57% vs 15.38%).
Fig. 2 Pèfòmans analiz nan modèl dyagnostik tibèkiloz pou echantiyon popilasyon an
Fig. 3 rezilta dyagnostik nan echantiyon pè
Konklizyon: Yo te fè yon metòd dyagnostik ipèrsensib pou tibèkiloz nan etid sa a, sa ki ka bay yon zouti dyagnostik ak sansiblite deteksyon ki pi wo pou pasyan klinik ki gen tibèkiloz oligobacillary (kilti negatif). Deteksyon nan tibèkiloz ipèrsansib ki baze sou plasma cfDNA ka yon kalite echantiyon apwopriye pou dyagnostik la nan tibèkiloz aktif ak menenjit tuberculeuz (echantiyon plasma yo pi fasil yo kolekte pase likid pèt pou pasyan yo sispèk ki tibèkiloz nan sèvo).
Original Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3dihub
Brief Entwodiksyon nan Macro & mikwo-tès Tibèkiloz Seri Pwodwi Deteksyon
Nan sans de sitiyasyon an echantiyon konplike nan pasyan tibèkiloz ak bezwen divès kalite, macro & mikwo-tès bay yon seri konplè nan solisyon NGS pou ekstraksyon likidasyon soti nan echantiyon krache, Qualcomm Bibliyotèk konstriksyon ak sekans, ak analiz done. Pwodwi yo kouvri dyagnostik rapid nan pasyan tibèkiloz, deteksyon rezistans dwòg nan tibèkiloz, tape nan mycobacterium tibèkiloz ak NTM, dyagnostik ipersansibilite nan bakteri-negatif tibèkiloz ak moun ki tuberculous, elatriye.
Twous deteksyon seri pou tibèkiloz ak mikobakteri:
| Atik Non | Non pwodwi | Pwodwi tès kontni | Egzanp Kalite | Modèl ki aplikab yo |
| HWTS-3012 | Echantiyon ajan lage | Itilize nan tretman likidasyon nan echantiyon krache, te jwenn yon nimewo dosye premye klas, ekipman machin Sutong 20230047. | espyon | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm Kantite Deteksyon Twous pou Hypersensible Tuberculosis (Sondaj Capture Metòd) | Ki pa pwogrese (likid byopsi) deteksyon hypersensitivity pou bakteri-negatif tibèkiloz poumon ak nodul nan sèvo; Echantiyon moun yo sispèk yo dwe enfekte ak tibèkiloz oswa mycobacteria ki pa Peye-tuberculosis yo te analize pa metagenomics segondè pwofondè sekans, ak enfòmasyon deteksyon an si wi ou non tibèkiloz oswa ki pa tuberculosis yo te enfekte ak enfòmasyon prensipal yo rezistans dwòg nan mycobacteria mycobacteria yo te bay. | San periferik, likid lavaj alveolè, idrotoraks ak asit, echantiyon twou konsantre, likid pèt. | Dezyèm jenerasyon |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tape ak twous deteksyon rezistans dwòg (multiplex anplifikasyon sekans metòd) | Tès tape Mycobacterium, ki gen ladan MTBC ak 187 NTM；Deteksyon rezistans dwòg nan Mycobacterium tibèkiloz kouvri 13 dwòg ak 16 sit mitasyon debaz nan jèn rezistans dwòg. | Krache, likid lavaj alveolè, idrotoraks ak asit, echantiyon twou konsantre, likid pèt. | Dezyèm/twazyèm jenerasyon platfòm doub |
Pwen esansyèl: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium tape ak twous rezistans dwòg (metòd anplifikasyon multiplex)
Pwodwi Entwodiksyon
Se pwodwi a ki baze sou prensipal premye-yo ak dezyèm-liy dwòg ki dekri nan Gid la tretman ki TB, makrolid ak aminoglycosides souvan itilize nan direktiv yo tretman NTM, ak sit sa yo rezistans dwòg kouvri tout yon sèl gwoup nan rezistans dwòg ki gen rapò ak nan la nan Ki moun ki Mycobacterium tibèkiloz katalòg mitasyon konplèks, osi byen ke lòt rapòte jèn rezistans dwòg ak sit mitasyon dapre ankèt la ak estatistik nan High-ki fè nòt literati nan kay ak aletranje.
Idantifikasyon tape ki baze sou tansyon yo NTM rezime nan direktiv yo NTM pibliye pa Chinwa Journal of Tibèkiloz ak maladi respiratwa ak konsansis la nan ekspè yo. Primers yo tape ki fèt ka anplifye, sekans ak anote plis pase 190 espès NTM.
Atravè teknoloji vize multiplex PCR anplifikasyon, jèn yo jenotip ak dwòg ki reziste jèn nan Mycobacterium yo te anplifye pa multiplex PCR, ak konbinezon an amplicon nan jèn sib yo dwe detekte te jwenn. Pwodwi yo anplifye ka konstwi nan dezyèm-jenerasyon oswa twazyèm-jenerasyon wo-debi bibliyotèk sekans, ak tout dezyèm jenerasyon ak twazyèm-jenerasyon tribin sekans ka sibi segondè-pwofondè sekans jwenn enfòmasyon nan sekans nan jèn sib. Pa konpare ak mitasyon yo li te ye ki nan baz done a referans bati-an (ki gen ladan ki moun ki Mycobacterium tuberculosis katalòg mitasyon konplèks ak relasyon li yo ak rezistans dwòg), mitasyon yo ki gen rapò ak rezistans dwòg oswa emotivite nan dwòg anti-tuberculosis yo te detèmine. Konbine avèk pwòp tèt ou-louvri krache echantiyon solisyon an tretman nan macro & mikwo-tès, pwoblèm nan nan ki ba efikasite anplifikasyon asid nikleyik nan echantiyon krache nan klinik (dis fwa pi wo pase sa yo ki an metòd tradisyonèl) te rezoud, se konsa ke deteksyon rezistans dwòg ka deteksyon kapab Dirèkteman aplike nan echantiyon krache nan klinik.
Pwodwi deteksyon ranje
34jèn rezistans dwòg ki gen rapò ak nan18dwòg anti-tuberculosis ak6Dwòg NTM yo te detekte, ki kouvri297sit rezistans dwòg; Dis kalite mycobacterium tibèkiloz ak plis pase190Kalite NTM yo te detekte.
Tablo 1: Enfòmasyon sou 18+6 dwòg+190+NTM
Avantaj pwodwi
Bonjan adaptabilite nan klinik: echantiyon yo krache ka dirèkteman detekte ak ajan pwòp tèt ou-liffaction san yo pa kilti.
Operasyon eksperimantal la se senp: premye tou an nan operasyon anplifikasyon se senp, epi li se konstriksyon an bibliyotèk ranpli nan 3 èdtan, ki amelyore efikasite nan travay.
Comprehensive tape ak rezistans dwòg: Kouvri sit sa yo rezistans tape ak dwòg nan MTB ak NTM, ki se pwen kle yo nan enkyetid nan klinik, tape egzat ak deteksyon rezistans dwòg, sipòte lojisyèl analiz endepandan, ak génération rapò analiz ak yon sèl klike sou.
Konpatibilite: pwodwi konpatibilite, adapte a ILM endikap ak tribin MGI/ONT.
Pwodwi spesifikasyon
| Kòd pwodwi | Non pwodwi | Platfòm deteksyon | espesifikasyon |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tape ak twous deteksyon rezistans dwòg (metòd anplifikasyon multiplex) | Ont 、 Illumina 、 Mgi 、 Salus Pro | 16/96rxn |
Post tan: Jan-23-2024